Für die Altstadt beginnt die letzte Dekade des Jahrtausends mit einem Schock: Im Februar 1990 stirbt Hans Wölfel völlig überraschend im Alter von nur 51 Jahren. Sofort ist klar, dass der Verein, der gerade seinen Präsidenten und Finanzier verloren hat, schweren Zeiten entgegenblickt – der Abstieg aus der 2. Bundesliga und eine Darlensforderung in Höhe von 500.000 Mark durch Wölfels Erben verschärfen die Situation zusätzlich.
Da das Interims-Duo um Wilhelm Sutter und Eugen Schiller den Verein mit viel Einsatz am Leben hält, kann aber weiter Fußball gespielt werden – wenn auch nicht besonders erfolgreich. Nach dem Abstieg aus der 2. Bundesliga verabschieden sich zahlreiche Leistungsträger, dennoch denkt vor der Saison kaum einer an die Möglichkeit, direkt in die Landesliga durchgereicht zu werden. Am Ende kann man die Bayernliga in der Relegation über Siege gegen Frohnlach und Gundelfingen halten, wobei zweimal Heinz Schneider zum Matchwinner avanciert. Es soll nicht die letzte Relegation in diesem durchwachsenen Jahrzehnt bleiben – die letzte enttäuschende Spielzeit auch nicht.
Nach einem neunten Platz in der Saison 1991/92 startet die Altstadt mit hohen Erwartungen in die dritte Bayernliga-Spielzeit, immerhin verfügt die Mannschaft über hoffnungsvolle Talente wie Michael Hofmann und Heiko Gröger, mit Klaus Gebhardt, Aleksandar Abutovic, Heinz Schneider und Frank Türr finden sich zudem einige Routiniers mit Zweitliga-Erfahrung im Team. Doch diese Erwartungen werden bitter enttäuscht: In den ersten zwölf Spielen gelingt nur ein einziger Sieg, nach der Hinrunde sind es deren drei; am Ende schafft man den Klassenerhalt durch einen Sieg im letzten Heimspiel gegen den bereits als Meister feststehenden TSV 1860 München – und dank Schützenhilfe des VfL Frohnlach.
1993/94 misslingt die Qualifikation für die neue Regionalliga – aufgrund der schwachen Platzierungen in den beiden Vorjahren war es faktisch unmöglich, unter die sechs Teams zu kommen, die aus der Bayernliga in die Regionalliga vorrückten -, doch im Jahr darauf gibt es für die SpVgg-Anhänger endlich wieder Grund zum Jubeln. Zunächst wird durch einen außergerichtlichen Vergleichs der Konkurs abgewendet, in der Saison 1994/95 erreicht man, mit Rückkehrer Werner Thomas und dem aus der Saas gekommenen Jörg Pötzinger, hinter Wacker Burghausen immerhin den zweiten Platz und hat über die Relegation die Chance auf den Aufstieg. Gegen den VfR Pforzheim scheitert man aber krachend, am Ende unterliegt man mit 0:4.
Zwei Jahre später geht es dann schon wieder in die Relegation – dieses Mal aber wieder um den Ligaverbleib. Dort besiegelt das 1:2 gegen Jahn Regensburg den Absturz in die fünftklassige Landesliga. Ein Jahr nach dem 75. Jubiläum ist die SpVgg Bayreuth am Boden.
Nicht wenige erwarten vor der Landesliga-Spielzeit 1997/98, in die Trainer Klaus Gebelein eine blutjunge Mannschaft schickt, dass die Altstadt direkt in die Bezirksliga durchgereicht wird. Doch Spielern wie Markus Praschil, Timo Füßmann, Sandro Rehm, Klaus Steinlein, Thomas Helldörfer oder natürlich Werner Thomas (27 Tore) gelingt, nach einem Sieg im „Endspiel“ beim Würzburger FV am letzten Spieltag, unerwartet die Rückkehr in Liga 4 – aus der man aber direkt als Vorletzter wieder absteigt.
Das Jahrzehnt endet in der fünftklassigen Landesliga – und das gleich in mehrfacher Sicht tragisch. Armin Eck, vor der Saison 1999/2000 eigentlich als Spielertrainer verpflichtet, reißt sich bei einem Pokalspiel auf Bezirksebene das Kreuzband und absolviert kein weiteres Spiel für die Altstadt; in der Landesliga reichen 107 Tore (50 davon von Werner Thomas!) nicht für den Aufstieg, als Tabellenzweiter hinter dem 1. FC Sand geht es – wieder einmal – in die Relegation; dort kommt es gegen den MTV Ingolstadt zum absoluten Fiasko, die entscheidende Partie wird mit 0:6 verloren.
Die Rückkehr in die Landesliga wird erst eine Saison später gelingen – und die Jahre darauf werden so manche dunkle Erinnerung aus den 1990er Jahren vergessen machen.